Реферат: Литература - Другое (книга по генетике)

p>составленной на основе гипервариабильных минисателлитов в

геномную ДНК приводит к более, чем 10-кратному увеличению

числа реципрокных обменов, причем степень этого влияния об-

ратно пропорциональна расстоянию между STR и сайтом рекомби-

нации (Wahls et al., 1990). Вместе с тем, многие авторы об-

ращают внимание на достаточно высокую стабильность миниса-

теллитных аллелей, что позволяет их широко использовать как

для генетического маркирования, так и для популяционных

исследований и идентификации личности методом ДНК-фингерп-

ринта (Decorte,Cassiman 1993; Edwards et al.,1991; Ива-

нов,1989).

Для многих мутаций, локализованных в некодирующих

частях генома, характерны высокие уровни популяционного по-

лиморфизма. Необходимо, однако, подчеркнуть, что эта измен-

чивость не затрагивает общей структуры генома, определяющей

различия между видами. Более того, сопосталение первичных

нуклеотидных последовательностей сравнительно протяженных

секвенированных участков ДНК (области Т-рецепторных генов

длиной около 100 кб) обнаружило сохранение высокой степени

гомологии не только в кодирующих, но и, что особенно удиви-

тельно, в некодирующих частях этих последовательностей. Если

учесть, что эволюционно человек и мышь разделены почти 80

миллионами лет эволюции, эти данные рассматриваются как сви-

детельство функциональной значимости некодирующих частей

этих генов По-видимому, далеко не всякие мутации в некодиру-

ющих районах ДНК являются нейтральными и в определенных слу-

чаях они могут отрицательно влиять на жизнеспособность. К

сожалению, в настоящее время ничего или почти ничего неиз-

вестно о функциях некодирующих ДНК-последовательностей.

Высказывалось даже предположение, что их единственной функ-

цией является репликация. Отсюда возникло представление об

"эгоистической" или "паразитической" ДНК. Конечно, полностью

исключить наличие подобных паразитических последователь-

ностей ДНК в любом геноме нельзя. Тем ни менее, представля-

ется маловероятным, что значительная часть генома человека,

также как и других видов, относится к эгоистической ДНК.

По-видимому, наши знания о роли некодирующей или, как еще

говорят, "избыточной" ДНК все еще явно недостаточны. Ста-

бильность структурной организации генома в пределах вида

свидетельствует скорее о важной эволюционной роли некодирую-

щих ДНК-последовательностей и об их участии в процессах он-

тогенеза. Можно предполагать, что ответ на этот интригующий

вопрос в какой-то мере будет получен при расшифровке и срав-

нении полной первичной нуклеотидной последовательности гено-

мов у животных разных видов и, прежде всего, у человека и

мыши, где прогресс в секвенировании геномной ДНК особенно

значителен (см.Главу III). Уместно заметить, что проведенный

недавно компьютерный анализ генома человека позволяет пред-

полагать наличие в его некодирующей части особого, пока еще

непонятного генетического кода, смысл и значение которого

остаются загадочными ( ?).

Раздел 2.7 Мобильность генома, облигатные и факульта-

тивные элементы генома.

До сих пор мы рассматривали основные структурные эле-

менты генома человека, положение которых в соответствии с

представлениями классической генетики достаточно постоянно.

Начиная с 50-х годов стали накапливаться данные о существо-

вании большого числа мобильных генетических элементов,

присутствие которых в геноме не является обязательным, а их

топография и количество может варьировать в различных клет-

ках, тканях и у разных индивидуумов (McClintock, 1984; Berg,

Howe, 1989). У прокариот такие элементы получили название

транспозонов. Их структура и функции достаточно хорошо изу-

чены. Отличительной особенностью мобильных элементов явля-

ется способность существовать как в интегрированном с хро-

мосомой виде, так и в виде отдельных макромолекул - эписом,

плазмид, вирусных частиц. Почти 50 различных семейств мо-

бильных элементов описано у дрозофилы . Вместе эти последо-

вательности составляют около 12% гаплоидного набора

(Golubovsky, 1995). В геноме млекопитающих содержится до 50

000 диспергированных копий ретропозона LINE размером около

6500 пар основанийю. Семейство Alu- повторов, содержащее от

300 до 500 тысяч копий, также относится к числу мобильных

элементов генома (Сharlesworth et al.,1994). Явление лизоге-

нии, то есть присутствие вирусных последовательностей в

составе ДНК человека и наличие фрагментов генов человека в

вирусных геномах, служит одним из примеров мобильности ДНК и

возможности "горизонтальной" передачи наследственно закреп-

ленных признаков между видами. Мобильные ДНК, как правило,

относятся к факультативным элементам. Как уже отмечалось, не

существует четких границ между облигатными и факультативными

элементами генома, так как возможен взаимный переход от од-

ного состояния к другому. Структурные локусы или сегменты

хромосом могут трансформироваться в факультативные элементы

за счет амплификации, интеграции в мобильные элементы или

путем образования цитоплазматических ретротранскриптов. Об-

ратный переход от факультативных элементов к облигатным осу-

ществляется посредством инсерций, транспозон-индуцированных

перестроек и обратной транскрипции.

Факультативные элементы существуют в геноме как популя-

ции информативных макромолекул. Изменения, возникающие в них

под воздействием внешних факторов, носят совершенно иной ха-

рактер по сравнению с классическими мутациями в структурных

локусах. Для описания изменений в факультативных элементах

предложен термин " вариации" (Голубовский, 1985). Этот тер-

мин впервые использован Жакобом и Воллманом для описания по-

ведения эписом (Jacob, Wollman, 1961). Вариации могут приво-

дить к изменениям на генотипическом уровне, то есть к мута-

циям, вследствие простого перемещения факультативных элемен-

тов или сдвига в соотношении между факультативными и обли-

гатными элементами. В этих случаях мутации встречаются од-

новременно у многих индивидуумов. Подобные изменения упоря-

дочены, могут происходить сразу во многих локусах и отлича-

ются высокой сайт-специфичностью. Локализация структурных

перестроек, возникающих в результате вариаций, предопределе-

на первоначальной топографией факультативных элементов на

хромосомах. И наконец, сами вариации могут быть индуцированы

обычными "не-мутагенными" факторами, такими как температура

или межлинейные кроссы (Golubovsky, 1995). Факультативные

элементы могут рассматриваться как оперативная память гено-

ма, так как во многих случаях спонтанное возникновение мута-

ций в облигатных элементах опосредовано их активацией. Счи-

тается, в частности, что инсерционный мутагенез является

причиной спонтанного возникновения 70% видимых мутаций в

природных популяциях дрозофилы. Однако, у человека пока за-

регистрированы лишь единичные случаи возникновения мутаций

вследствие перемещения мобильных элементов генома (Vidaud et

al.,1993).

Раздел 2.8 Изохоры, метилирование, гиперчувствительные

сайты.

Перечисленные выше компоненты генома не случайным обра-

зом связаны с последовательностями нуклеотидов. И в этом

смысле можно говорить о существовании в геноме человека

структур более высокого иерархического порядка. Примером

служат изохоры - длинные, в среднем, свыше 300 кб сегменты

ДНК, гомогенные по композиции оснований или по GC-уровням.

62% генома состоит из GC-бедных изохор и в них локализовано

около 34% генов, 31% генома представлен GC-богатыми изохора-

ми, содержащими 38% генов, и в 3% изохор, обогащенных

GC-последовательностями (так называемых H3 изохор), нахо-

дится 28% генов (Mouchiroud et al., 1991; Saссone et al.,

1993). Таким образом, существуют относительно небольшие

участки ДНК, в которых плотность генов в 10 -20 раз выше,

чем в остальных последовательностях.

Другой общей чертой генома человека является то, что in

vivo значительная доля цитозиновых остатков в молекуле ДНК

метилирована, то-есть находится в форме 5-метилдезоксицити-

дина. Экспериментальное изучение характера метилирования

основано на сопоставлении рестрикционных фрагметов, образую-

щихся после обработки ДНК эндонуклеазами, для которых сайты

узнавания одинаковы и содержат в своем составе цитозин, но

действуют эти ферменты по-разному, в зависимости от того,

находится ли это основание в метилированном состоянии или

нет. В частности, рестриктазы - Msp1 и Hpa11, узнают после-

довательность CCGG, но в отличие от Msp1, Hpa11 не расщепля-

ет ДНК в тех сайтах, где внутренний CpG динуклеотид метили-

рован. Некоторые сегменты генома, особенно это относится к

Страницы: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70