Ферменты
он, таким образом, подготавливается к дальнейшему каталитическому
видоизменению, а в молекуле фермента происходят конформационные
перестройки. Гипотеза Кошланда, основанная на допущении гибкости активного
центра фермента, удовлетворительно объясняла активирование и ингибирование
действия ферментов и регуляцию их активности при воздействии различных
факторов. В частности, конформационные перестройки в ферменте в процессе
изменения его активности Кошланд сравнивал с колебаниями паутины, когда в
нее попала добыча (субстрат), подчеркивая этим крайнюю лабильность
структуры фермента в процессе каталитического акта.
В настоящее время гипотеза Кошланда постепенно вытесняется гипотезой
топохимического соответствия. Сохраняя основные положения гипотезы
взаимоиндуцированной настройки субстрата и фермента, она фиксирует внимание
на том, что специфичность действия ферментов объясняется в первую очередь
узнаванием той части субстрата, которая не изменяется при катализе. Между
этой частью субстрата и субстратным центром фермента возникают
многочисленные точечные гидрофобные взаимодействия и водородные связи.
3. Строение ферментов
По строению ферменты могут быть однокомпонентными, простыми белками, и
двухкомпонентными, сложными белками. Во втором случае в составе фермента
обнаруживается добавочная группа небелковой природы.
В разное время возникли различные наименования белковой части и
добавочной группы в двухкомпонентных ферментах. Все они до сих пор
употребляются в литературе, например:
Фермент в целом Белковая часть Добавочная группа
Симплекс Ферон (носитель) Агон (активная группа)
Холофермент Апофермент Кофермент
Добавочную группу, прочно связанную, не отделяемую от белковой части,
называют простетической группой; в отличие от этого добавочную группу,
легко отделяющуюся от апофермента и способную к самостоятельному
существованию, обычно именуют коферментом.
Химическая природа важнейших коферментов была выяснена в 30-е годы
нашего столетия благодаря трудам О. Варбурга, Р. Куна, П. Каррера и др.
Оказалось, что роль коферментов в двухкомпонентных ферментах играют
большинство витаминов (Е, К, Q, В1, В2, В6 В12, С, Н и др.) или соединений,
построенных с участием витаминов (коэнзим А, НАД+ и т. п.). Кроме того,
функцию коферментов выполняют такие соединения, как НS-глутатион,
многочисленная группа нуклеотидов и их производных, фосфорные эфиры
некоторых моносахаридов и ряд других веществ.
Характерной особенностью двухкомпонентных ферментов является то, что
ни белковая часть, ни добавочная группа в отдельности не обладают заметной
каталитической активностью. Только их комплекс проявляет ферментативные
свойства. При этом белок резко повышает каталитическую активность
добавочной группы, присущую ей в свободном состоянии в очень малой степени;
добавочная же группа стабилизирует белковую часть и делает ее менее
уязвимой к денатурирующим агентам. Таким образом, хотя непосредственным
исполнителем каталитической функции является простетическая группа,
образующая каталитический центр, ее действие немыслимо без участия
полипептидных фрагментов белковой части фермента. Более того, в апоферменте
есть участок, характеризующийся специфической структурой, избирательно
связывающий кофермент. Это так называемый кофермент связывающий домен; его
структура у различных апоферментов, соединяющихся с одним и тем же
коферментом, очень сходна. Таковы, например, пространственные структуры
нуклеотидсвязывающих доменов ряда дегидрогеназ.
Иначе обстоит дело у однокомпонентных ферментов, не имеющих добавочной
группы, которая могла бы входить в непосредственный контакт с преобразуемым
соединением. Эту функцию выполняет часть белковой молекулы, называемая
каталитическим центром. Предполагают, что каталитический центр
однокомпонентного фермента представляет собой уникальное сочетание
нескольких аминокислотных остатков, располагающихся в определенной части
белковой молекулы.
Чаще всего в каталитических центрах однокомпонентных ферментов
встречаются остатки сер, гис, три, арг, цис, асп, глу и тир. Радикалы
перечисленных аминокислот выполняют здесь ту же функцию, что и кофермент в
составе двухкомпонентного фермента.
Аминокислотные остатки, образующие каталитический центр
однокомпонентного фермента, расположены в различных точках единой
полипептидной цепи. Поэтому каталитический центр возникает в тот момент,
когда белковая молекула приобретает присущую ей третичную структуру.
Следовательно, изменение третичной структуры фермента под влиянием тех или
иных факторов может привести к деформации каталитического центра и
изменению ферментативной активности.
Кроме каталитического центра, образованного сочетанием аминокислотных
радикалов или присоединением кофермента, у ферментов различают еще два
центра: субстратный и аллостерический.
Под субстратным центром понимают участок молекулы фермента,
ответственный за присоединение вещества (субстрата), подвергающегося
ферментативному превращению. Часто этот участок называют “якорной
площадкой” фермента, где, как судно на якорь, становится субстрат. Во
многих случаях прикрепление субстрата к ферменту идет за счет
взаимодействия с e-аминогрулпой радикала лиз, расположенного в субстратном
центре. Эту же роль может выполнять СООН-группа глу, а также НS-группа цис.
Однако работы последних лет показали, что гораздо большее значение здесь
имеют силы гидрофобных взаимодействий и водородные связи, возникающие между
радикалами аминокислотных остатков субстратного центра фермента и
соответствующими группировками в молекуле субстрата.
Понятие о каталитическом и субстратном центре не следует
абсолютизировать. В реальных ферментах субстратный центр может совпадать
(или перекрываться) с каталитическим центром. Более того, каталитический
центр может окончательно формироваться в момент присоединения субстрата.
Поэтому часто говорят об активном центре фермента, представляющем сочетание
первого и второго. Активный центр у ферментов располагается на две щели при
двухъядерной структуре, например у лизоцима и рибонуклеазы, или на дне
глубокой впадины, как у химотрипсиногена.
Аллостерический центр представляет собой участок молекулы фермента, в
результате присоединения к которому определенного низкомолекулярного (а
иногда - и высокомолекулярного) вещества изменяется третичная структура
белковой молекулы. Вследствие этого изменяется конфигурация активного
центра, сопровождающаяся либо увеличением, либо снижением каталитической
активности фермента. Это явление лежит в основе так называемой
аллостерической регуляции каталитической активности ферментов.
Значения молекулярных масс ферментов колеблются в широких пределах: от
нескольких тысяч до нескольких миллионов. В природе насчитывается несколько
десятков ферментов, обладающих сравнительно небольшими молекулами (до 50
тыс.). Однако большинство ферментов представлено белками более высокой
молекулярной массы, построенными из субъединиц. Так, каталаза (М=25200)
содержит в молекуле шесть протомеров с М=42000 каждый. Молекула фермента,
ускоряющего реакцию синтеза рибонуклеиновых кислот (РНК-полимераза, М =
400000), состоит из 6 неравных субъединиц. Полная молекула
глутаматдегидрогеназы, ускоряющей процесс окисления глутаминовой кислоты
(М=336000), построена из 6 субъединиц с М=56000.
Способы компоновки протомеров в мультимеры разнообразны. Крайне важно,
что достроенный из субъединиц фермент проявляет максимальную каталитическую
активность именно в виде мультимера: диссоциация на протомеры резко снижает
активность фермента. Не все ферменты-мультимеры построены исключительно из
каталитически активных протомеров. Наряду с каталитическими в их составе
отмечены регуляторные субъединицы, как, например, у аспартат-
карбамилтрансферазы.
Среди ферментов-мультимеров безусловно преобладают димеры и тетрамеры
(их несколько сотен), в меньшей мере распространены гексамеры и октамеры
(несколько десятков) и необыкновенно редко встречаются тримеры и пентамеры.
Молекулы ферментов-мультимеров в ряде случаев составлены из субъединиц
двух типов, обозначаемых условно как субъединицы типа А и В. Они сходны
друг с другом, но отличаются по некоторым деталям первичной и третичной
структур. В зависимости от соотношения протомеров типа А и В в мультимере
последний может существовать в виде нескольких изомеров, которые называют
